การจัดเก็บไฮโดรเจนเป็นเรื่องยากมาก

อย่างแรก ไฮโดรเจนมีน้ำหนักที่เบาที่สุดในบรรดาธาตุทั้งหมด ในสถานะมาตรฐาน ความหนาแน่นของมันคือ 0.0899g/L ซึ่งเป็นหนึ่งหมื่นของความหนาแน่นของน้ำ

ที่ -252.7 องศา มันสามารถกลายเป็นของเหลวที่มีความหนาแน่น 70 กรัม/ลิตร ซึ่งเป็นน้ำเพียงหนึ่งในสิบห้า ประการที่สอง ในฐานะที่เป็นองค์ประกอบอันดับหนึ่งในตารางธาตุ ไฮโดรเจนมีรัศมีอะตอมที่เล็กมาก และไฮโดรเจนสามารถผ่านเข้าไปในรูพรุนส่วนใหญ่ที่มองไม่เห็นด้วยตาเปล่าได้

ไม่เพียงเท่านั้น ที่อุณหภูมิสูงและความดันสูง ไฮโดรเจนยังสามารถผ่านแผ่นเหล็กที่หนามากได้อีกด้วย ประการที่สาม ไฮโดรเจนมีความกระตือรือร้นสูง มีความคงตัวต่ำ และมีแนวโน้มที่จะเกิดการเผาไหม้และการระเบิดหลังจากการรั่วไหล ขีดจำกัดการระเบิดของไฮโดรเจน: 4.0~74.2 เปอร์เซ็นต์ (ปริมาตรของไฮโดรเจนคิดเป็นปริมาตรทั้งหมดของของผสม)